<目的>（第1条）
この法律は、湖沼の水質の保全を図るため、湖沼水質保全基本方針を定めるとともに、水質の汚濁に係る環境基準の確保が緊要な湖沼について水質の保全に関し実施すべき施策に関する計画の策定及び汚水、廃液その他の水質の汚濁の原因となる物を排出する施設に係る必要な規制を行う等の特別の措置を講じ、もつて国民の健康で文化的な生活の確保に寄与することを目的とする。

<指定湖沼及び指定地域>（第3条）
環境大臣は、都道府県知事の申出に基づき、環境基本法 （平成五年法律第九十一号）第十六条第一項の規定による水質の汚濁に係る環境上の条件についての基準（第二十三条第一項において「水質環境基準」という。）が現に確保されておらず、又は確保されないこととなるおそれが著しい湖沼であつて、当該湖沼の水の利用状況、水質の汚濁の推移等からみて特に水質の保全に関する施策を総合的に講ずる必要があると認められるものを指定湖沼として指定することができる。
２ 　環境大臣は、指定湖沼の水質の汚濁に関係があると認められる地域を指定地域として指定するものとする。
３ 　環境大臣は、指定湖沼又は指定地域を指定しようとするときは、前項の地域を管轄する都道府県知事（指定湖沼の指定については、第一項の申出をした都道府県知事を除く。）の意見を聴かなければならない。
４ 　都道府県知事は、第一項の申出をし、又は前項の意見を述べようとするときは、関係市町村長の意見を聴かなければならない。
５ 　環境大臣が指定湖沼又は指定地域の指定をするには、閣議の決定を経なければならない。
６ 　環境大臣は、指定湖沼又は指定地域を指定するときは、その旨を官報で公示しなければならない。
７ 　第一項（都道府県知事の申出に係る部分に限る。）及び第三項から前項までの規定は指定湖沼の指定の変更又は解除について、第三項から前項までの規定は指定地域の指定の変更又は解除について準用する。

<規制基準の設定>（第7条）
都道府県知事は、指定地域にあつては、水質汚濁防止法 （昭和四十五年法律第百三十八号）第二条第二項 に規定する特定施設（第十四条の規定により同法第二条第三項に規定する指定地域特定施設とみなされる施設を含む。第十五条第一項、第二十四条、第二十五条第一項及び第四十三条において同じ。）で政令で定める施設以外のもの（以下「湖沼特定施設」という。）を設置する指定地域内の工場又は事業場で政令で定める規模以上のもの（以下「湖沼特定事業場」という。）から公共用水域（同法第二条第一項 に規定する公共用水域をいう。以下同じ。）に排出される水（以下「排出水」という。）の汚濁負荷量（同法第二条第二項第二号 に規定する項目のうち化学的酸素要求量その他の項目で指定湖沼ごとに政令で定めるもので表示した汚濁負荷量をいう。次項、次条及び第十条において同じ。）について、湖沼水質保全計画に基づき、環境省令で定めるところにより、指定湖沼の水質を保全するための規制基準を定めなければならない。
２ 　前項の規制基準は、湖沼特定事業場につき当該湖沼特定事業場から排出される排出水の汚濁負荷量について定める許容限度とする。
３ 　都道府県知事は、第一項の規制基準を定めるときは、公示しなければならない。これを変更し、又は廃止するときも、同様とする。

<法第七条第一項の政令で定める規模>（令2条）
湖沼水質保全特別措置法 （以下「法」という。）第七条第一項 の政令で定める規模は、一日当たりの平均的な排出水（水質汚濁防止法 （昭和四十五年法律第百三十八号）第二条第五項 に規定する排出水をいう。）の量が五十立方メートルであるものとする。

<法第七条第一項 の政令で定める項>（令2条の２）
法第七条第一項 の政令で定める項目は、第一号及び第六号に掲げる湖沼については化学的酸素要求量及びりん含有量とし、第二号から第五号まで及び第七号から第十号までに掲げる湖沼については化学的酸素要求量、窒素含有量及びりん含有量とする。
一 　釜房ダム貯水池
二 　霞ケ浦（北浦及び常陸利根川を含む。）
三 　印旛沼
四 　手賀沼
五 　諏訪湖
六 　野尻湖
七 　琵琶湖
八 　中海
九 　宍道湖
十 　児島湖

<規制基準の遵守義務>（第9条）
湖沼特定事業場の設置者は、当該湖沼特定事業場に係る第七条第一項の規制基準を遵守しなければならない。

指定施設等に関する措置

<指定施設の設置の届出>（第15条）
指定地域において、水質汚濁防止法第二条第二項第二号 に規定する項目に関し湖沼の水質の汚濁の原因となる物を発生し、及び公共用水域に排出する施設（同項 に規定する特定施設であるものを除く。）であつて、湖沼の水質保全上同法第三条第一項 又は第三項 の排水基準による規制により難いものとして政令で定めるもの（以下「指定施設」という。）を設置しようとする者は、環境省令で定めるところにより、次の事項を都道府県知事に届け出なければならない。ただし、当該指定施設の設置について河川法第二十六条第一項 の規定による河川管理者の許可を受けたときは、この限りでない。
一 　氏名又は名称及び住所並びに法人にあつては、その代表者の氏名
二 　指定施設の所在地
三 　指定施設の種類
四 　指定施設の構造
五 　指定施設の使用の方法
六 　その他環境省令で定める事項
２ 　河川管理者は、前項ただし書の許可をしたときは、その旨を都道府県知事に通報するものとする。

<指定施設の設置の届出>（規則5条）
　法第十五条第一項第六号 の環境省令で定める事項は、水質汚濁防止法第二条第二項第二号 に規定する項目に関し湖沼の水質の汚濁の原因となる物（以下「汚物」という。）の運搬及び処理の方法とする。
２ 　法第十五条第一項 の規定による届出は、様式第一による届出書によつてしなければならない。
３ 　前項の届出書の記載については、次の各号の定めるところによるものとする。
一 　指定施設の種類については、湖沼水質保全特別措置法施行令 （昭和六十年政令第三十七号。以下「令」という。）第六条 の号番号及び名称を記載すること。
二 　指定施設の構造については、次の事項を記載すること。
イ　指定施設の型式、構造、主要寸法及び能力並びに当該指定施設及びこれに関連する主要機械又は主要装置の配置
ロ　指定施設に係る工事の着手及び完成の予定年月日並びに指定施設の使用開始の予定年月日
ハ　その他指定施設の構造について参考となるべき事項
三 　指定施設の使用の方法については、次の事項を記載すること。
イ　指定施設の設置場所
ロ　指定施設の一日当たりの使用時間及びその使用に季節的変動がある場合には、その概要
ハ　指定施設を含む作業工程において使用する原材料（消耗資材を含む。）の種類、使用方法及び使用量並びにその使用に季節的変動がある場合には、その概要
ニ　指定施設の使用時に当該指定施設において発生する汚物の種類、量及び除去方法
ホ　その他指定施設の使用の方法について参考となるべき事項
四 　汚物の運搬及び処理の方法については、汚物の処理施設等までの運搬の方法及び当該処理施設等における処理の方法について記載すること。

<経過措置>（第16条）
一の施設が指定施設となつた際現に指定地域においてその施設を設置している者（設置の工事をしている者を含む。以下この項において同じ。）又は一の地域が指定地域となつた際現にその地域において指定施設を設置している者は、当該施設が指定施設となつた日又は当該地域が指定地域となつた日から三十日以内に、環境省令で定めるところにより、前条第一項各号に掲げる事項を都道府県知事に届け出なければならない。
２ 　前条第一項ただし書及び第二項の規定は、前項の場合について準用する。

<経過措置に伴う届出>（規則6条）
法第十六条第一項 の規定による届出は、様式第二による届出書によつてしなければならない。
２ 　前条第三項の規定は、前項の届出書の記載に準用する。

<指定施設の構造等の変更の届出>（第17条）
第十五条第一項又は前条第一項の規定による届出をした者（第十五条第二項（前条第二項において準用する場合を含む。）の通報に係る者を含む。次条第一項において同じ。）は、第十五条第一項第四号から第六号までに掲げる事項の変更をしようとするときは、環境省令で定めるところにより、その旨を都道府県知事に届け出なければならない。
２ 　前項に規定する者は、第十五条第一項第一号若しくは第二号に掲げる事項に変更があつたとき、又は届出に係る指定施設の使用を廃止したときは、その日から三十日以内に、その旨を都道府県知事に届け出なければならない。
３ 　第十五条第一項ただし書及び第二項の規定は、前二項の場合について準用する。

<指定施設の構造等の変更の届出>（規則7条）
法第十七条第一項 の規定による届出は、様式第三による届出書によつてしなければならない。
２ 　第五条第三項の規定は、前項の届出書の記載に準用する。

<承継>（第18条）
水質汚濁防止法第十一条第一項 及び第二項 の規定は、第十五条第一項又は第十六条第一項の規定による届出をした者の地位の承継について準用する。
２ 　前項において準用する水質汚濁防止法第十一条第一項 又は第二項 の規定により前項に規定する者の地位を承継した者は、その承継があつた日から三十日以内に、その旨を都道府県知事に届け出なければならない。ただし、河川法第三十三条第三項 の規定による届出をしたときは、この限りでない。
３ 　第十五条第二項の規定は、前項ただし書に規定する場合について準用する。

<氏名の変更等の届出>（規則8条）
法第十七条第二項 の規定による届出は、法第十五条第一項第一号 又は第二号 に掲げる事項の変更に係る場合にあつては様式第四による届出書によつて、指定施設の使用の廃止に係る場合にあつては様式第五による届出書によつてしなければならない。

<承継の届出>（規則9条）
法第十八条第二項 の規定による届出は、様式第六による届出書によつてしなければならない。

<基準遵守義務>（第19条）
指定地域において指定施設を設置している者は、当該指定施設について、環境省令で定めるところにより都道府県が条例で定める構造及び使用の方法に関する基準を遵守しなければならない。

<指定施設の構造及び使用の方法に関する基準>（規則10条）
法第十九条 （法第二十二条 において準用する場合を含む。）の構造及び使用の方法に関する基準は、別表の中欄に掲げる施設の種類ごとに同表の下欄に掲げる事項について定めるものとする。

<湖辺環境保護地区内における行為の届出等>(第30条）
湖辺環境保護地区内において、次に掲げる行為をしようとする者は、都道府県知事に対し、環境省令で定めるところにより、行為の種類、場所並びに開始及び終了の時期その他環境省令で定める事項を届け出なければならない。
一 　植物を採取し、又は損傷すること。
二 　水面を埋め立て、又は干拓すること。
三 　鉱物を掘採し、又は土石を採取すること。
四 　前三号に掲げるもののほか、湖辺環境の保護に支障があると認められる行為として政令で定める行為をすること。
２ 　都道府県知事は、指定湖沼の湖辺環境を保護するために必要があると認めるときは、湖辺環境保護地区内において前項の規定により届出を要する行為をしようとする者又はした者に対して、その湖辺環境を保護するために必要な限度において、当該行為を禁止し、若しくは制限し、又は必要な措置を執るべき旨を命ずることができる。
３ 　前項の処分は、第一項の規定による届出をした者に対しては、その届出があつた日から起算して三十日以内に限り、することができる。
４ 　都道府県知事は、第一項の規定による届出があつた場合において、実地の調査をする必要があるとき、その他前項の期間内に第二項の処分をすることができない合理的な理由があるときは、その理由が存続する間、前項の期間を延長することができる。この場合においては、同項の期間内に、第一項の規定による届出をした者に対し、その旨及び期間を延長する理由を通知しなければならない。
５ 　第一項の規定による届出をした者は、その届出をした日から起算して三十日を経過した後でなければ、当該届出に係る行為に着手してはならない。
６ 　都道府県知事は、指定湖沼の湖辺環境の保護に支障を及ぼすおそれがないと認めるときは、前項の期間を短縮することができる。
７ 　前各項の規定にかかわらず、国の機関又は地方公共団体が行う行為については、第一項の規定による届出をすることを要しない。この場合において、当該国の機関又は地方公共団体は、同項の届出を要する行為をしようとするときは、あらかじめ、都道府県知事にその旨を通知しなければならない。
８ 　都道府県知事は、前項の規定による通知があつた場合において、湖辺環境保護地区の湖辺環境を保護するために必要があると認めるときは、当該通知をした国の機関又は地方公共団体に対し、湖辺環境の保護のために執るべき措置について協議を求めることができる。
９ 　次に掲げる行為については、前各項の規定は、適用しない。
一 　通常の管理行為、軽易な行為その他の行為であつて、指定湖沼の湖辺環境の保護に支障を及ぼすおそれがないと認められるものとして環境省令で定めるもの
二 　湖辺環境保護地区が指定され、又はその区域が拡張された際既に着手していた行為
三 　非常災害のために必要な応急措置として行う行為
四 　河川法第二十三条 から第二十五条 まで、第二十六条第一項若しくは第二十七条第一項（これらの規定を同法第百条第一項 において準用する場合を含む。）の規定又は同法第二十八条 若しくは第二十九条 （これらの規定を同法第百条第一項 において準用する場合を含む。）の規定に基づく政令若しくは都道府県の条例の規定による許可を要する行為
五 　河川法第二十八条 又は第二十九条 （これらの規定を同法第百条第一項 において準用する場合を含む。）の規定に基づく政令又は都道府県の条例の規定により制限された行為。

<湖辺環境保護地区内における行為の届出>（規則14条）
法第三十条第一項 の規定による届出は、行為の種類、場所、開始及び終了の時期並びに第三項に規定する事項を記載した届出書を提出して行うものとする。
２ 　前項の届出書には、次の各号に掲げる図面を添えなければならない。
一 　行為の場所を明らかにした縮尺五万分の一以上の地形図
二 　行為地及びその付近の状況を明らかにした縮尺五千分の一以上の概況図並びに天然色写真
三 　行為の施行方法を明らかにした縮尺千分の一以上の平面図、立面図及び断面図
四 　行為終了後における植生の復元の方法を明らかにした縮尺千分の一以上の図面
３ 　法第三十条第一項 の環境省令で定める事項は、行為者の住所及び氏名（法人にあっては、主たる事務所の所在地及び名称並びに代表者の氏名）、行為の目的、行為地、施行方法並びにその附近の状況とする。

湖沼水質保全特別措置法